それに伴い、以下の動作となります。
- JR東日本管内の駅を発着とした東海道新幹線はJR東海となります。該当する駅は東京、品川、新横浜、小田原、熱海の各駅です。
- このうち東京、品川は100km、200kmを越えると旅客営業規則第８７条、８６条が適用され、山手線内、東京都区内となり、新横浜は横浜市内となりますが、「経路運賃営業キロ計算アプリ」では、新幹線指定の場合はこの適用をせずにJR東海株主優待が有効な単駅発となります（このような発券が可能なのかは未確認です）。
- ８６条、８７条を適用したい場合は、JR東日本管内の在来線を指定するか、（「大崎-山手線-品川」など）他路線を含めるようにしてください。
新幹線と在来線は営業キロ、運賃計算上は同一扱いですので在来線の指定でも問題ありません。敢えて新幹線を指定された場合は、JR東海路線で株主優待を行使したい場合と判断しています。
例）
新横浜から新幹線経由で静岡、富士、身延線経由で甲府へ行く場合、201km以上ですので、旅客営業規則第８６条が適用され、発駅は横浜市内となりますが、JR東海区間でもありますので発駅は単駅となります（８６条が適用されると、JR東日本のエリアも含むようになり、JR東海の株主優待が適用になりません）。
 |  |
横浜市内[浜]発としたい場合、在来線も含めた指定にします。以下の例の場合、菊名-横浜線-新横浜を指定しています。
 |  |
或いは横浜から小田原まで在来線、小田原から新幹線にしても運賃は同じです。この場合でも乗車券の券面表示は「横浜市内[浜]発」となっていると思いますので、新横浜から新幹線に乗車することも可能です。
