旅客営業規則第86条・同87条

「特定都区市内にある駅に関連する片道普通旅客運賃の計算方」で以下の各都市内に存在する駅を発着とする経路において、各都市の中心駅（代表駅）から200kmを越える場合、中心駅からの営業キロで計算します。

特定都区市内

1) 札幌市内 [札]
2) 仙台市内 [仙]
3) 東京都区内[区]
4) 横浜市内[横]
5) 名古屋市内[名]
6) 京都市内[京]
7) 大阪市内[阪]
8) 神戸市内[神]
9) 広島市内[広]
10) 北九州市内[九]
11) 福岡市内[福]
のエリア内

例えば、山手線恵比寿駅から中央東線塩尻駅までの営業キロは、216.8kmですが、恵比寿駅は東京都区内の駅であるため、その代表駅である東京駅から塩尻までの営業キロは、222.1kmで200kmを越えるので、東京駅からの営業キロで計算します（この時の経路は最短経路で、東京-神田-御茶ノ水-代々木-新宿-甲府経由で計算されます）。

規則非適用	恵比寿 - 塩尻	営業キロ： 216.8 km	運賃(IC)： ￥3,670(￥3,672)
		経由：[山手線]代々木[中央東線]
規則適用	東京都区内[区] - 塩尻	営業キロ： 222.1 km	運賃(IC)： ￥4,000(￥3,996)
		経由：[東北線]神田[中央東線]

乗車経路は計算経路である必要がなく、辿った経路を後戻りしないで都区市内のエリア内で大回りすることが可能です。

発駅（または着駅）が、東京都区内である浮間舟渡で、着駅（または発駅）が塩尻の場合、以下の通りとなります（Farert最短経路で算出された経路）。

規則非適用	浮間舟渡 → 塩尻	営業キロ： 222.7 km	運賃(IC)： ￥4,000(￥3,996)
		経由：[埼京線]武蔵浦和[武蔵野線]西国分寺[中央東線]
規則非適用	浮間舟渡 → 塩尻	営業キロ： 225.2 km	運賃(IC)： ￥4,000(￥3,996)
		経由：[埼京線]池袋[山手線]新宿[中央東線]
規則適用	東京都区内[区] → 塩尻	営業キロ： 239.0 km	運賃(IC)： ￥4,000(￥3,996)
		経由：[東北線]神田[中央東線]

この場合、浮間舟渡から赤羽・新宿経由でも、赤羽・東京(または秋葉原や神田）経由のいずれの経路の選択が可能です（ただし、都区市内エリア内の駅での途中下車はできません）。

以下の例は、指定（乗車）経路と計算経路をしめしたものです。

　　
山手線の恵比寿駅から山手線外回り代々木、神田、赤羽、池袋、新宿から中央東線で甲府、身延線で富士へ至る経路ですが、東京発の都区内の最短経路になっております。
メニューより「特例を適用しない」を選択すると（2枚目のビュー）、経路選択ビューで選択した経路で計算表示されます（最後のビュー）。
実際には最初のビューの結果で計算され発券されます。

適用された都区市内はエリア内が一つの大きな駅とみなされ、エリア内のどの駅からでも（までへも）乗降可能ですが、本アプリでは片道切符での条件が終了した時点で経路選択が終了しそれ以上指定できません。以下の例では日暮里で経路が終了していますが、この切符で渋谷まで乗車可能です（渋谷以外でも蒲田や大久保など都区市内の駅まで乗車可能です）。

　

※ 2019年5月2日 補足記事もご参照ください