大都市近郊区間内発着経路でのルールとそのルールを適用したくない場合

大都市近郊区間内発着の経路は、運賃が最安になる経路で計算されて表示します。
(まだ完全ではなく不具合が残っていますがいつか直します)→20.01で直しました
また大都市近郊区間内発着の経路は、有効日数が1日で途中下車するとご存知の通り、再入場できません（下車時、前途放棄されたものとされ、きっぷが回収されます。大回り中でしたらそこまでの運賃が追加請求されます）。

大都市近郊区間内発着の経路でこのルールの適用をしたくない場合、経路に新幹線を含めることで大都市近郊区間内発着のルールの適用をしないようにすることが可能です。

ただし、例外が3つほどあります。

1. 東海道新幹線 米原〜新大阪間または、山陽新幹線 西明石〜姫路〜相生間の乗車を経由とする場合
2. 旅客営業規則第86条、87条の経路上での新幹線乗車
3. 旅客営業規則第70条の適用範囲内で、その計算経路以外での新幹線乗車

以上に当てはまる場合は、大都市近郊区間内発着のきっぷは大都市近郊区間内のルールに従います。

1.はそのままのとおりですので、2と3について説明したいとおもいます。

2.の旅客営業規則第86条、87条が適用される経路の場合、都区市内は一つの大きな駅と見なされ、そのエリアはどのような経路をとおっても構いません（戻る、重複はダメ）。このルールはこちらにも説明したとおりで、きっぷの購入時にこのエリア内の経路を指定することはできますが制限されます。制限されるというより都区市内エリア内はどういう径路を乗車しても良いため指定できるのは都区市内駅の脱出（侵入）経路だけです。脱出前（侵入後）の経路は指定できないため、新幹線を経路に含めることもできません。ただし、新幹線に乗車することはできます（別途新幹線料金は当然必要ですが）。
例をしめすと、以下の2つの経路は新幹線を指定していますが、きっぷの券面表示はされない（経路指定できない）ので、アプリでは大都市近郊区間が適用されたままです。

farert% ./farert -5 錦糸町 総武線 東京 東海道新幹線 品川 山手線 新宿 中央東線 松本 >/dev/null
<錦糸町 総武線 東京 東海道新幹線 品川 山手線 新宿 中央東線 松本 >

///適用
東京都区内[区] -> 松本
経由：[東北線]神田[中央東線]塩尻[篠ノ井線]
近郊区間内ですので最安運賃の経路にしました(途中下車不可、有効日数当日限り)
営業キロ： 235.4 km
運賃(IC)： ¥4,070(¥4,070)    往復： ¥8,140(¥8,140)
JR東日本 株主優待2割： ¥3,250
JR東日本 株主優待4割： ¥2,440
小児運賃： ¥2,030   往復： ¥4,060
学割運賃： ¥3,250   往復： ¥6,500

有効日数：   1日

上記の例では、新宿から脱出していますが、錦糸町〜新宿は都区市内駅の為、どの経路を乗車しても良く、経路指定できません。

farert% ./farert -5 品川 東海道新幹線 東京 東北新幹線 上野 東北線 大宮 高崎線 高崎 上越線 渋川 吾妻線 大前  >/dev/null
<品川 東海道新幹線 東京 東北新幹線 上野 東北線 大宮 高崎線 高崎 上越線 渋川 吾妻線 大前 >

///適用
山手線内[山] -> 大前
経由：[東北線]大宮[高崎線]高崎[上越線]渋川[吾妻線]
近郊区間内ですので最安運賃の経路にしました(途中下車不可、有効日数当日限り)
営業キロ： 181.4 km     計算キロ： 186.9 km
運賃(IC)： ¥3,410(¥3,410)    往復： ¥6,820(¥6,820)
JR東日本 株主優待2割： ¥2,720
JR東日本 株主優待4割： ¥2,040
小児運賃： ¥1,700   往復： ¥3,400
学割運賃： ¥2,720   往復： ¥5,440

有効日数：   1日

この経路も品川〜上野は都区市内駅で経路指定できません（アプリでも経路指定はできますが、結果は山手線内[山]として丸められています。（乗っても良いけど計算には含まれていない） 山手線内駅発着(87条）は100kmを越える場合、都区市内駅発着(86条)は200kmを越える場合に適用されますので、旅客営業規則第86条、87条の適用外の経路(100km/200km以下の経路）では、新幹線乗車で大都市近郊区間ルールを除外することができます（以下）。

farert% ./farert -5 品川 東海道新幹線 東京 東北新幹線 上野 東北線 小山  >/dev/null
<品川 東海道新幹線 東京 東北新幹線 上野 東北線 小山 >

///適用
品川 -> 小山
経由：[東海道新幹線]東京[東北新幹線]上野[東北線]
営業キロ： 87.4 km
運賃： ¥1,520       往復： ¥3,040

小児運賃： ¥760     往復： ¥1,520

有効日数：   1日

farert% ./farert -5 品川 東海道新幹線 東京 東北新幹線 大宮 高崎線 高崎 上越線 渋川 吾妻線 大前  >/dev/null  
<品川 東海道新幹線 東京 東北新幹線 大宮 高崎線 高崎 上越線 渋川 吾妻線 大前 >

///適用
山手線内[山] -> 大前
経由：[東北新幹線]大宮[高崎線]高崎[上越線]渋川[吾妻線]
営業キロ： 181.4 km     計算キロ： 186.9 km
運賃： ¥3,410       往復： ¥6,820
JR東日本 株主優待2割： ¥2,720
JR東日本 株主優待4割： ¥2,040
小児運賃： ¥1,700   往復： ¥3,400
学割運賃： ¥2,720   往復： ¥5,440

有効日数：   2日

3.の旅客営業規則第70条の適用範囲内で、その計算経路以外での新幹線乗車ですが、例をしめすと、以下の画面の2番目の経路のような場合、新幹線乗車が70条の適用時の計算経路から外れるので、きっぷ購入時に新幹線乗車する経路を指定することができません。したがって新幹線をアプリで指定しても大都市近郊区間ルールの適用となります。それでも新幹線乗車することはできます（別途新幹線料金は必要ですが）。
以下の画面の最初の経路は旅客営業規則第70条適用時の計算経路上の新幹線乗車なので大都市近郊区間ルールの適用させないことができます。
また、70条の適用経路以外(山手線の外側）での新幹線乗車は、70条や86,87条に関係なく、これまでどおり大都市近郊区間ルールの適用を除外することができます。

farert% ./farert -5 八王子 横浜線 東神奈川 東海道線 品川 東海道新幹線 東京 東北線 日暮里 常磐線 いわき >/dev/null
<八王子 横浜線 東神奈川 東海道線 品川 東海道新幹線 東京 東北線 日暮里 常磐線 いわき >

///適用
八王子 -> いわき
経由：[横浜線]東神奈川[東海道線]品川,日暮里[常磐線]
営業キロ： 284.8 km
運賃： ¥5,170       往復： ¥10,340
JR東日本 株主優待2割： ¥4,130
JR東日本 株主優待4割： ¥3,100
小児運賃： ¥2,580   往復： ¥5,160
学割運賃： ¥4,130   往復： ¥8,260

有効日数：   3日


farert% ./farert -5 八王子 中央東線 代々木 山手線 品川 東海道新幹線 東京 東北線 日暮里 常磐線 いわき >/dev/null  
<八王子 中央東線 代々木 山手線 品川 東海道新幹線 東京 東北線 日暮里 常磐線 いわき >

///適用
八王子 -> いわき
経由：[中央東線]新宿,日暮里[常磐線]
近郊区間内ですので最安運賃の経路にしました(途中下車不可、有効日数当日限り)
営業キロ： 257.8 km
運賃(IC)： ¥4,510(¥4,510)    往復： ¥9,020(¥9,020)
JR東日本 株主優待2割： ¥3,600
JR東日本 株主優待4割： ¥2,700
小児運賃： ¥2,250   往復： ¥4,500
学割運賃： ¥3,600   往復： ¥7,200

有効日数：   1日

ご指摘頂いた方には、ここに感謝を申し上げます。ありがとうございました。